Os jogos serão em ida e volta, com decisão nos pênaltis em caso de empate na soma dos placares dos dois jogos. Os gols marcados fora de casa não serão usados como critério de desempate na terceira fase.

A partir das quartas de final, o sorteio define os confrontos, mandos de campo e as chaves até a final.

A CBF irá distribuir uma premiação recorde na Copa do Brasil 2023. Serão R$ 420 milhões divididos entre a primeira fase até a final. O campeão leva R$ 70 milhões e o vice R$ 30 milhões, sem contar o valor acumulado das outras fases.

Uma mudança significativa foi no critério de premiação aos clubes, que agora passarão a ganhar de acordo com a divisão do Campeonato Brasileiro que disputam. Os clubes sem divisão nacional receberão o mesmo valor do pote dos clubes das Séries C e D. (veja na tabela abaixo).

O campeão da Copa do Brasil acumulará R$ 91,8 milhões se vier desde a primeira fase e fizer parte do grupo 1; R$ 91,35 milhões se fizer parte do grupo 2 ou R$ 90,35 milhões se vier do grupo 3.

Se o campeão for uma das 12 equipes que iniciarão a partir da terceira fase, o prêmio acumulado em caso de título será de R$ 88,7 milhões.